我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

sed应该足够了，就像海报LJ上面说的，

而不是!d，你可以简单地使用p打印:

sed -n '/abc/,/efg/p' file

我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

如果您愿意使用上下文，这可以通过输入来实现

grep -A 500 abc test.txt | grep -B 500 efg

这将显示“abc”和“efg”之间的所有内容，只要它们之间的距离不超过500行。

虽然sed选项是最简单、最简单的，但遗憾的是，LJ的一行程序并不是最可移植的。那些受困于C Shell(而不是bash)版本的人将需要摆脱他们的刘海:

sed -e '/abc/,/efg/\!d' [file]

不幸的是，这一行在bash等中不起作用。

你至少有几个选择

DOTALL方法

用(?s) DOTALL the。包含\n的字符 你也可以使用一个超前(?=\n)——不会在匹配中被捕获

example-text:

true
match me

false
match me one

false
match me two

true
match me three
third line!!
{BLANK_LINE}

命令:

grep -Pozi '(?s)true.+?\n(?=\n)' example-text

-p用于perl正则表达式

-o只匹配模式，而不是整行

-z允许换行

-i不区分大小写

输出:

true                                                  
match me                                              
true                                                  
match me three                                        
third line!!

注:

- +? makes modifier non-greedy so matches shortest string instead of largest (prevents from returning one match containing entire text)

你可以使用老式的O.G.手动方法，使用\n

命令:

grep -Pozi 'true(.|\n)+?\n(?=\n)'

输出:

true                                                  
match me                                              
true                                                  
match me three                                        
third line!!