我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。

用银搜索器:

ag 'abc.*(\n|.)*efg' your_filename

与戒指持有者的答案相似，但用ag代替。银色搜索者的速度优势可能在这里大放异彩。

如果您愿意使用上下文，这可以通过输入来实现

grep -A 500 abc test.txt | grep -B 500 efg

这将显示“abc”和“efg”之间的所有内容，只要它们之间的距离不超过500行。

这可以通过首先使用tr用其他字符替换换行符来轻松完成:

tr '\n' '\a' | grep -o 'abc.*def' | tr '\a' '\n'

这里，我使用警报字符\a (ASCII 7)来代替换行符。 这在你的文本中几乎找不到，而且grep可以用一个.匹配它，或者专门用\a匹配它。

我在几天前发布了一个grep替代方案，它直接支持这一点，通过多行匹配或使用条件——希望它对搜索这里的人有用。下面是示例命令的样子:

多行:

sift -lm 'abc.*efg' testfile

条件:

sift -l 'abc' testfile --followed-by 'efg'

你也可以指定'efg'必须在一定的行数内跟在'abc'后面:

sift -l 'abc' testfile --followed-within 5:'efg'

你可以在sift-tool.org上找到更多信息。

如果您对模式序列不感兴趣，可以使用grep。

grep -l "pattern1" filepattern*.* | xargs grep "pattern2"

例子

grep -l "vector" *.cpp | xargs grep "map"

Grep -l将找到与第一个模式匹配的所有文件，xargs将为第二个模式查找Grep。希望这能有所帮助。