其中一个关键区别是网站动态编译和动态创建程序集。Web应用程序编译成一个大型程序集。

Visual Studio 2008中消除了两者之间的区别。

网站=当网站由图形设计师创建且程序员仅编辑一到两页时使用

Web应用程序=当应用程序由程序员创建且图形设计师仅编辑一页或两页/图像时使用。

网站可以使用任何HTML工具进行工作，而不必使用开发人员工作室，因为项目文件不需要更新等。当团队主要使用开发人员studio并且代码内容较高时，Web应用程序是最佳的。

（某些编码错误在编译时在Web应用程序中发现，直到运行时才在Web站点中发现。）

警告：我多年前就写过这个答案，之后就再也没有使用Asp.net了。我想事情已经开始了。

绝对是web应用程序，单个DLL文件，易于维护。但网站更灵活；您可以随时编辑aspx文件。

“网站”的代码位于一个特殊的App_code目录中，并且在运行时被编译为多个DLL（程序集）。“web应用程序”被预编译为一个DLL。

在Web应用程序项目中，Visual Studio需要用于页面和用户控件的其他.designer文件。网站项目不需要此开销。标记本身被解释为设计。

编译首先，编译是有区别的。网站不是在服务器上预编译的，而是在文件上编译的。可能是这是一个优势，因为当您想要更改Web中的某些内容时站点您只需从服务器下载一个特定的文件，更改它并把这个文件上传回服务器，一切都会正常。在Web中应用程序无法执行此操作，因为所有内容都是预编译的你最终只有一个dll。当您更改一个文件中的内容时您的项目必须重新编译所有内容。所以如果你愿意希望能够更改服务器上的某些文件。网站是更好的解决方案。它还允许许多开发人员开发一个网站。另一方面，如果您不希望代码您应该选择Web应用程序。这选项对于单元测试也更好，因为一个DLL文件在发布网站后创建。

项目结构项目的结构也存在差异。在Web应用程序中，您有一个项目文件，就像在普通应用程序中一样。在网站中，并没有传统的项目文件，只有解决方案文件。所有引用和设置都存储在web.config文件中。@Page指令对于包含与此页面关联的类的文件，@Page指令中有一个不同的属性。在Web应用程序中，它是标准的“CodeBehind”，在Web站点中使用“CodeFile”。您可以在以下示例中看到这一点：

Web应用程序：

<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeBehind="Default.aspx.cs"  
Inherits="WebApplication._Default" %>  

网站：

<%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeFile="Default.aspx.cs" Inherits="_Default" %> 

命名空间-在上面的示例中，您还可以看到另一个区别-如何创建命名空间。In-Web Application命名空间只是一个项目名称。在网站中有默认的命名空间ASP动态编译页面。编辑并继续-在Web应用程序中，“编辑并继续”选项为可用（要打开它，必须转到“工具”菜单，单击“选项”然后在调试中找到“编辑并继续”）。此功能不起作用在Web Site.ASP.NET MVCI中，如果要使用ASP.NET MVC（模型视图控制器）最佳和默认选项是Web应用程序。尽管可以在Web站点中使用MVC不建议使用。摘要-ASP.NET Web应用程序之间最重要的区别网站是编译。所以如果你在一个更大的项目上工作少数人可以修改它，最好使用网站。但如果你是做一个较小的项目，您也可以使用Web应用程序。