我现在遇到了一个关于存储库的问题，尽管我的Git-fu通常很好，但我似乎无法解决这个问题。
当我克隆这个存储库，然后cd到存储库，git状态显示几个文件被更改。注意:我没有在任何编辑器或其他工具中打开存储库。
我试着遵循这个指南:http://help.github.com/dealing-with-lineendings/，但这对我的问题一点帮助都没有。
我试过git checkout。很多次，但似乎什么也没做。
我使用的是Mac，存储库本身没有子模块。
Mac上的文件系统是“Journaled HFS+”文件系统，不区分大小写。这些文件只有一行，每个文件大约79 KB(是的，您没有听错)，因此查看git diff并没有特别有用。我听说过git的全局核心配置。trustctime false，这可能有帮助，当我回到存储库的计算机上时，我会尝试。
我用事实改变了文件系统的细节!我尝试了git配置——全局核心。Trustctime假把戏，效果不太好。
当前回答
我也遇到了同样的问题。在我的例子中，我克隆了存储库，一些文件立即丢失了。
这是由于文件的路径和文件名对Windows来说太长造成的。要解决该问题，请将存储库克隆到尽可能靠近硬盘驱动器根的位置，以减少文件路径的长度。例如，将其克隆到C:\A\GitRepo，而不是C:\ users Documents\yyy\Desktop\GitRepo。
其他回答
这个问题也可能由不同的文件权限引起，就像我的情况一样:
新克隆的存储库(Windows, Cygwin):
$ git ls-tree HEAD
100755 blob 8099ea496a2c78d71125d79a05855f60ebf07904 testfile
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裸远程存储库(Linux):
$ git ls-tree HEAD
100644 blob 8099ea496a2c78d71125d79a05855f60ebf07904 testfile
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在克隆了一个存储库之后，我在Mac上也遇到了同样的问题。它假定所有文件都已更改。
运行git config——global core后。输入时，它仍然将所有文件标记为已更改。在寻找修复后，我在主目录中遇到了.gitattributes文件，其中包含以下内容。
* text=auto
我把它注释掉了，从此以后任何其他克隆的存储库都可以正常工作。
我明白了。所有其他的开发人员都使用Ubuntu(我想)，因此都有区分大小写的文件系统。然而，我没有(因为我用的是Mac)。实际上，当我使用git ls-tree HEAD <path>查看它们时，所有文件都有小写双胞胎。
我会让他们中的一个去解决的。
为了防止它帮助其他人，这个问题可能还有另一个原因:不同版本的Git。我在Ubuntu 18.04 (Bionic Beaver)的机器上使用默认安装的Git版本，一切工作正常，但在Ubuntu 16.04上尝试使用Git克隆存储库时，一些文件显示为已修改。
这里的其他答案都没有解决我的问题，但是升级Git版本以匹配两个系统确实解决了这个问题。
对我来说，问题是在我的MacBook上，我的Mac没有按外壳跟踪。我创建了一个APFS区分大小写的“工作区”分区。在那之后，我不再得到状态错误。
