最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?
最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?
当前回答
让我分享一点疯狂:
c("ggplot2","ggsci", "hrbrthemes", "gghighlight", "dplyr") %>% # What will you need to load for this script?
(function (x) ifelse(t =!(x %in% installed.packages()),
install.packages(x[t]),
lapply(x, require)))
其他回答
if (!require('ggplot2')) install.packages('ggplot2'); library('ggplot2')
“ggplot2”是包。它检查包是否安装,如果没有安装,就安装它。然后不管它采用哪个分支,它都会加载包。
48 lapply_install_and_load <- function (package1, ...)
49 {
50 #
51 # convert arguments to vector
52 #
53 packages <- c(package1, ...)
54 #
55 # check if loaded and installed
56 #
57 loaded <- packages %in% (.packages())
58 names(loaded) <- packages
59 #
60 installed <- packages %in% rownames(installed.packages())
61 names(installed) <- packages
62 #
63 # start loop to determine if each package is installed
64 #
65 load_it <- function (p, loaded, installed)
66 {
67 if (loaded[p])
68 {
69 print(paste(p, "loaded"))
70 }
71 else
72 {
73 print(paste(p, "not loaded"))
74 if (installed[p])
75 {
76 print(paste(p, "installed"))
77 do.call("library", list(p))
78 }
79 else
80 {
81 print(paste(p, "not installed"))
82 install.packages(p)
83 do.call("library", list(p))
84 }
85 }
86 }
87 #
88 lapply(packages, load_it, loaded, installed)
89 }
你可以使用find.package()。
这里几乎所有的答案都依赖于(1)require()或(2)installed.packages()来检查给定的包是否已经安装。
我添加了一个答案,因为这些对于回答这个问题的轻量级方法来说是不令人满意的。
Require具有加载包的名称空间的副作用,这可能并不总是可取的 安装。Packages是点燃蜡烛的火箭筒——它将首先检查所有已安装的包,然后我们检查这个库中是否有一个(或几个)包“库存”。没有必要为了找一根针而堆一堆干草堆。
这个答案也是受到@ArtemKlevtsov的启发,以类似的精神回答了这个问题的复制版本。他指出system.file(package=x)可以达到预期的效果,即返回“如果包未安装,则返回nchar > 1”。
如果我们深入了解系统。File实现了这个,我们可以看到它使用了不同的基函数find。包,我们可以直接使用:
# a package that exists
find.package('data.table', quiet=TRUE)
# [1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/library/data.table"
# a package that does not
find.package('InstantaneousWorldPeace', quiet=TRUE)
# character(0)
我们还可以在find中查看引擎盖下的内容。包来看看它是如何工作的,但这主要是一个有指导意义的练习——我看到的唯一简化函数的方法是跳过一些健壮性检查。但是基本的想法是:在. libpaths()中查找——任何安装的包pkg将在file.path(. libpaths (), pkg)处有一个DESCRIPTION文件,因此快速检查file.exists(file.path(. libpaths (), pkg, 'DESCRIPTION')。
在我的例子中,我想要一个可以从命令行(实际上是通过Makefile)运行的一行程序。下面是一个安装“VGAM”和“feather”的例子,如果它们还没有安装:
R -e 'for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")'
在R内部,它就是:
for (p in c("VGAM", "feather")) if (!require(p, character.only=TRUE)) install.packages(p, repos="http://cran.us.r-project.org")
除了前面的解之外,这里没有别的解:
我只说一句 我硬编码回购参数(以避免任何弹出窗口询问使用的镜像) 我不想费心定义一个在其他地方使用的函数
还要注意重要的字符。only=TRUE(如果没有它,require将尝试加载包p)。
站在@MichaelChirico的肩膀上:
stopifnot(3 == length(find.package(c('foo', 'bar', 'baz'))))