最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?
最近我似乎和合作者分享了很多代码。他们中的许多人是新手/中级R用户,并没有意识到他们必须安装他们还没有的包。
是否有一种优雅的方式来调用installed.packages(),比较那些我正在加载和安装如果丢失?
当前回答
if (!require('ggplot2')) install.packages('ggplot2'); library('ggplot2')
“ggplot2”是包。它检查包是否安装,如果没有安装,就安装它。然后不管它采用哪个分支,它都会加载包。
其他回答
确定。
您需要比较“已安装的包”和“所需的包”。这非常接近于我用蔓越莓做的事情,因为我需要比较“存储的已知包”和“当前已知的包”,以确定新的和/或更新的包。
就像这样
AP <- available.packages(contrib.url(repos[i,"url"])) # available t repos[i]
为了获得所有已知的包,模拟调用当前安装的包,并将其与给定的目标包集进行比较。
我使用以下将检查包是否安装和依赖项是否更新,然后加载包。
p<-c('ggplot2','Rcpp')
install_package<-function(pack)
{if(!(pack %in% row.names(installed.packages())))
{
update.packages(ask=F)
install.packages(pack,dependencies=T)
}
require(pack,character.only=TRUE)
}
for(pack in p) {install_package(pack)}
completeFun <- function(data, desiredCols) {
completeVec <- complete.cases(data[, desiredCols])
return(data[completeVec, ])
}
library <- function(x){
x = toString(substitute(x))
if(!require(x,character.only=TRUE)){
install.packages(x)
base::library(x,character.only=TRUE)
}}
这适用于不带引号的包名,并且相当优雅(参见GeoObserver的答案)
packages_installed <- function(pkg_list){
pkgs <- unlist(pkg_list)
req <- unlist(lapply(pkgs, require, character.only = TRUE))
not_installed <- pkgs[req == FALSE]
lapply(not_installed, install.packages,
repos = "http://cran.r-project.org")# add lib.loc if needed
lapply(pkgs, library, character.only = TRUE)
}
关于你的主要目标“安装他们还没有的库”。并且不管使用" installed .packages() "”。下面的函数掩码了require的原始函数。它尝试加载和检查命名包“x”,如果它没有安装,直接安装它,包括依赖项;最后正常加载。将函数名从'require'重命名为'library'以保持完整性。唯一的限制是包名应该加引号。
require <- function(x) {
if (!base::require(x, character.only = TRUE)) {
install.packages(x, dep = TRUE) ;
base::require(x, character.only = TRUE)
}
}
所以你可以加载和安装包的旧时尚的方式R。 要求(“ggplot2”) 要求(“Rcpp”)