ctrl+Shift+R一直对我有效。只需替换所有文件并选择所有文件。

如果重命名的唯一原因是避免与具有相同包名的另一个构建（或系统应用程序）发生冲突，那么您可以改为仅重命名应用程序build.gradle文件中的applicationId。

示例：假设您已经安装了一个id为com.android.phone的应用程序（您希望保留它），请将app/build.gradle更改为：

android {
    defaultConfig {
        applicationId "com.android.phone.mymod"

}

也就是说，如果你已经有一个软件包名为com.android.phone的应用程序，并且不想/无法卸载它（例如，因为它是一个系统应用程序，设备没有根目录），那么上面的更改就是所有需要的，以便将你的应用程序与原始应用程序并排安装。在设备上，applicationId将被使用，而不是实际的包名。此外，您的应用程序数据将存储在/data/data/com.android.phone.mymod下，而不是/data/ddata/com.andrid.phone下。

没有。在某些情况下，您可能还需要重命名AndroidManifest.xml文件中的提供者和权限的名称。

参考：

https://developer.android.com/studio/build/application-id

在AndroidStudio中创建新项目时，applicationId与安装过程中选择的Java风格包名称完全匹配。但是，应用程序ID和包名称在此之外彼此独立。您可以更改代码的包名称（代码名称空间），这不会影响应用程序ID，反之亦然（不过，再次声明，发布应用程序后，您不应更改应用程序ID）。但是，更改包名还有其他后果，您应该注意，因此请参阅有关如何更改包名的部分。

选择选项取消选中“压缩空中间包”选项。选择要更改的目录（我选择了步骤6中显示的“crl”）。移位+F6重命名程序包将目录crl重命名为crl1最后单击下图中标记的Do Refactor按钮在此处输入代码完成更改后

右键单击包名称->Refactor->重命名->输入包名称->单击“Refactor”。不要编辑“app”文件夹下除“build.gradle”以外的任何构建文件。

从重命名android工作室项目-Vishnu Sivan

更改应用程序ID（现在独立于包名）可以在一个步骤中轻松完成。你不必接触AndroidManifest。相反，请执行以下操作：

右键单击项目的根文件夹。单击“打开模块设置”。转到“口味”选项卡。将applicationID更改为所需的任何包名称。按OK（确定）。

注意，这不会更改包名称。包名称和应用程序ID的解耦在这里解释：http://tools.android.com/tech-docs/new-build-system/applicationid-vs-packagename

右键单击项目面板上的包。

从上下文菜单中选择Refactor->Rename。