我有一个R脚本，我希望能够提供几个命令行参数(而不是在代码本身硬编码参数值)。该脚本运行在Windows系统上。
我找不到关于如何将命令行上提供的参数读到我的R脚本的信息。如果这不能做到，我会感到惊讶，所以也许我只是没有在我的谷歌搜索中使用最好的关键字…
有什么建议吗?
当前回答
把这个添加到你的脚本顶部:
args<-commandArgs(TRUE)
然后你可以引用传入的参数args[1]， args[2]等。
然后运行
Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3
如果参数是带空格的字符串，请用双引号括起来。
其他回答
供您参考:有一个函数args()，它检索R个函数的参数，不要与名为args的参数向量混淆
Try library(getopt)…如果你想让事情变得更好。例如:
spec <- matrix(c(
'in' , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
'gc' , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
'out' , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
'help' , 'h', 0, "logical", "this help"
),ncol=5,byrow=T)
opt = getopt(spec);
if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
q();
}
在bash中，您可以构造如下所示的命令行:
$ z=10
$ echo $z
10
$ Rscript -e "args<-commandArgs(TRUE);x=args[1]:args[2];x;mean(x);sd(x)" 1 $z
[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
[1] 5.5
[1] 3.027650
$
你可以看到变量$z被bash shell替换为“10”，这个值被commandArgs取走并输入args[2]，范围命令x=1:10被R成功执行，等等。
由于optparse在回答中已经提到过几次，并且它为命令行处理提供了一个全面的工具包，这里有一个简短的简化示例，说明如何使用它，假设输入文件存在:
脚本。接待员:
library(optparse)
option_list <- list(
make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
help="Count the line numbers [default]"),
make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
help="Multiply output by this number [default %default]")
)
parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)
args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args
if(opt$count_lines) {
print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}
给定任意文件blah.txt，有23行。
在命令行中:
Rscript脚本。R -h输出
Usage: script.R [options] file
Options:
-n, --count_lines
Count the line numbers [default]
-f FACTOR, --factor=FACTOR
Multiply output by this number [default 3]
-h, --help
Show this help message and exit
Rscript脚本。R -n blah.txt输出[1]"69"
Rscript脚本。R -n -f 5 blah.txt输出[1]"115"
把这个添加到你的脚本顶部:
args<-commandArgs(TRUE)
然后你可以引用传入的参数args[1]， args[2]等。
然后运行
Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3
如果参数是带空格的字符串，请用双引号括起来。