我试图读取一个大的csv文件(aprox。6 GB)在熊猫和我得到一个内存错误:

MemoryError                               Traceback (most recent call last)
<ipython-input-58-67a72687871b> in <module>()
----> 1 data=pd.read_csv('aphro.csv',sep=';')

...

MemoryError: 

有什么帮助吗?


当前回答

对于大数据,我建议你使用"dask"库,例如:

# Dataframes implement the Pandas API
import dask.dataframe as dd
df = dd.read_csv('s3://.../2018-*-*.csv')

你可以在这里阅读更多的文档。

另一个很好的选择是使用modin,因为所有的功能都与pandas相同,但它利用了分布式数据框架库,如dask。

在我的项目中,另一个高级库是数据表。

# Datatable python library
import datatable as dt
df = dt.fread("s3://.../2018-*-*.csv")

其他回答

在使用chunksize选项之前,如果你想确定你想要在@unutbu提到的分块for循环中写入的进程函数,你可以简单地使用nrows选项。

small_df = pd.read_csv(filename, nrows=100)

一旦确定流程块准备好了,就可以将其放入整个数据帧的分块for循环中。

除了上面的答案,对于那些想要处理CSV然后导出到CSV、parquet或SQL的人来说,d6tstack是另一个不错的选择。您可以加载多个文件,它处理数据模式更改(添加/删除列)。核心支持已经被剔除。

def apply(dfg):
    # do stuff
    return dfg

c = d6tstack.combine_csv.CombinerCSV([bigfile.csv], apply_after_read=apply, sep=',', chunksize=1e6)

# or
c = d6tstack.combine_csv.CombinerCSV(glob.glob('*.csv'), apply_after_read=apply, chunksize=1e6)

# output to various formats, automatically chunked to reduce memory consumption
c.to_csv_combine(filename='out.csv')
c.to_parquet_combine(filename='out.pq')
c.to_psql_combine('postgresql+psycopg2://usr:pwd@localhost/db', 'tablename') # fast for postgres
c.to_mysql_combine('mysql+mysqlconnector://usr:pwd@localhost/db', 'tablename') # fast for mysql
c.to_sql_combine('postgresql+psycopg2://usr:pwd@localhost/db', 'tablename') # slow but flexible

我想在已经提供的大多数潜在解决方案的基础上,给出一个更全面的答案。我还想指出另一个可能有助于阅读的方法。

选项1:dtypes

"dtypes"是一个非常强大的参数,您可以使用它来减少读取方法的内存压力。看看这个和这个答案。默认情况下,Pandas尝试推断数据的dtype。

根据数据结构,每存储一个数据,就进行一次内存分配。在基本层面上,请参考以下值(下表说明了C编程语言的值):

The maximum value of UNSIGNED CHAR = 255                                    
The minimum value of SHORT INT = -32768                                     
The maximum value of SHORT INT = 32767                                      
The minimum value of INT = -2147483648                                      
The maximum value of INT = 2147483647                                       
The minimum value of CHAR = -128                                            
The maximum value of CHAR = 127                                             
The minimum value of LONG = -9223372036854775808                            
The maximum value of LONG = 9223372036854775807

请参阅本页查看NumPy和C类型之间的匹配。

假设你有一个整数数组。你可以在理论上和实际中分配,比如说一个16位整数类型的数组,但是你会分配比实际需要更多的内存来存储这个数组。为了避免这种情况,您可以在read_csv上设置dtype选项。你不想把数组项存储为长整数,实际上你可以用8位整数(np.int8或np.uint8)来适合它们。

观察下面的dtype映射。

来源:https://pbpython.com/pandas_dtypes.html

你可以将dtype参数作为参数传递给pandas方法,就像读取{column: type}一样。

import numpy as np
import pandas as pd

df_dtype = {
        "column_1": int,
        "column_2": str,
        "column_3": np.int16,
        "column_4": np.uint8,
        ...
        "column_n": np.float32
}

df = pd.read_csv('path/to/file', dtype=df_dtype)

选项2:按块读取

以块形式读取数据允许您访问内存中的一部分数据,并且可以对数据应用预处理并保存处理过的数据而不是原始数据。如果将这个选项与第一个选项dtypes结合使用,效果会好得多。

我想指出熊猫烹饪书中关于这一过程的部分,你可以在这里找到。注意这两个部分;

逐块读取csv文件 逐块读取csv中的特定行

选项3:Dask

Dask是一个框架,在Dask的网站上定义为:

Dask为分析提供了高级的并行性,为您喜爱的工具提供了大规模的性能

它的诞生是为了覆盖熊猫无法到达的必要部位。Dask是一个功能强大的框架,通过以分布式方式处理数据,允许您访问更多的数据。

你可以使用dask来预处理你的数据作为一个整体,dask负责分块部分,所以不像pandas,你可以只定义你的处理步骤,让dask来做工作。Dask在被compute和/或persist显式地推入之前不会应用计算(请参阅这里的答案了解区别)。

其他辅助(想法)

ETL流程为数据设计。只保留原始数据中需要的内容。 首先,使用Dask或PySpark等框架将ETL应用于整个数据,并导出处理后的数据。 然后看看处理过的数据是否能整体地放入内存中。 考虑增加内存。 考虑在云平台上使用这些数据。

该错误表明机器没有足够的内存来读取整个 CSV一次转换成一个数据帧。假设您不需要整个数据集 内存,避免这个问题的一种方法是处理CSV在 Chunks(通过指定chunksize参数):

chunksize = 10 ** 6
for chunk in pd.read_csv(filename, chunksize=chunksize):
    process(chunk)

chunksize参数指定每个块的行数。 (当然,最后一个块可能包含少于块大小的行。)


熊猫>= 1.2

Read_csv with chunksize返回一个上下文管理器,像这样使用:

chunksize = 10 ** 6
with pd.read_csv(filename, chunksize=chunksize) as reader:
    for chunk in reader:
        process(chunk)

参见 GH38225

我是这样说的:

chunks=pd.read_table('aphro.csv',chunksize=1000000,sep=';',\
       names=['lat','long','rf','date','slno'],index_col='slno',\
       header=None,parse_dates=['date'])

df=pd.DataFrame()
%time df=pd.concat(chunk.groupby(['lat','long',chunk['date'].map(lambda x: x.year)])['rf'].agg(['sum']) for chunk in chunks)