当我的客户Smartgit在我的.git/HEAD文件中放了一个换行符时，发生在我身上。删除空行可以解决这个问题。

GIT_DIR应取消设置：未设置GIT_DIR

我到达这个问题是因为遇到了错误消息

fatal: not a git repository: '~/repos/abc'

因为我担心git版本之间有一些不兼容(幸运的是没有)，

我在这里读到的答案没有一个是我的情况的解决方案，我发现其中一些答案是危险和误导性的。

我得到了这个错误，因为我将一个存储库从OpenBSD移动到Linux，但这可能只通过改变shell就会发生，在OpenBSD中，我使用(在.kshrc中使用ksh)来调用git(注意路径中的~/形式):

alias git-abc='git --git-dir=~/repos/abc --work-tree=~/Development/abc'

在OpenBSD和ksh中，它使用该语法来定义别名，而在linux和bash中，在这样完全相同的别名定义中引用的~在别名被调用时不会扩展，我通过删除别名定义中的引号来解决。

alias git-abc=git --git-dir=~/repos/abc --work-tree=~/Development/abc

对我来说，这与我的.git/路径的畸形所有权有关。root拥有.git/HEAD和.git/index，阻止jenkins用户运行作业。

这也可能是由于权限。检查所有者/组权限，并确保您有足够的权限访问该数据。在我的例子中，我在一个所有权设置为root:root的回购中运行“git status”时遇到了这个错误。以根用户身份运行“git status”解决了我的问题。或者，如果您不希望用户/组所有权为root:root，则将repo更改为您可以访问的内容。

我知道已经有很多答案了，但是如果你修改了一堆文件，你仍然害怕失去工作。

注:以上大部分解决方案对我来说都不适用。

我也遇到了同样的问题，所以我做了一个变通方案。

git clone <same project>
git checkout <to desired branch>//changed to respective branch
git branch // verify if you have same branch set 
git pull

然后将.git目录复制到旧目录中(为了代码安全，请保存一份回购副本)。

执行git status，这将重新索引文件。你会让它重新工作的。

谢谢，希望能对一些人有所帮助。