扩展Kugel的回答，这对我来说是有效的(VS2015 Enterprise)，利用dll中的SQLite，可以在构建和测试后从主项目中删除Nuget包:

1.安装Nuget包到主项目。

Install-Package System.Data.SQLite

2.构建应用程序并测试Sqlite连接是否正常工作:

select * from sqlite_master

3.从主版本卸载Nuget包。

UnInstall-Package System.Data.SQLite

4.手动删除SQLite和EntityFramework的dll引用:

System.Data.SQLite
System.Data.SQLite.EF6
System.Data.SQLite.Linq

从主项目的“包”中删除Xml引用。配置”XML文件。

这对我来说很有效，使我的项目保持干净。

我在这个问题上挣扎了很长一段时间，偶尔会发现测试设置不正确。请看这张图片:

我只要取消测试设置，问题就消失了。否则会出现异常。 希望这能帮助到一些人。 不确定这是根本原因。

我不知道这是否是一个好的答案，但我能够通过在AppDomain下以“本地系统”的身份运行我的应用程序来解决这个问题。

这是我在我的项目中解决它的方法。

它正在工作，当一位同事提交他的更改时，我收到了“无法加载DLL 'SQLite.Interop.dll'”异常。

区别项目的.csproj文件，这是在NON-WORKING版本中:

<ItemGroup>
     <Content Include="x64\SQLite.Interop.dll" />
     <Content Include="x86\SQLite.Interop.dll" />
</ItemGroup>

下面是WORKING版本的内容:

<ItemGroup>
     <Content Include="x64\SQLite.Interop.dll">
          <CopyToOutputDirectory>Always</CopyToOutputDirectory>
      </Content>
      <Content Include="x86\SQLite.Interop.dll">
          <CopyToOutputDirectory>Always</CopyToOutputDirectory>
      </Content>
</ItemGroup>

在返回之后，我没有收到异常。DLL文件被转储到适当的Debug\x64 (etc)文件夹中。

我在多个项目的解决方案中遇到了类似的问题。SQLite.Interop.dll对于使用ClickOnce随软件发布的一个插件是必要的。

在visual studio中调试一切正常，但是部署的版本缺少包含DLL的文件夹x86/和x64/。

使用ClickOnce让它在部署后工作的解决方案是在解决方案的启动项目(也是正在发布的项目)中创建这两个子文件夹，将dll复制到其中，并将它们设置为Content copy Always。

通过这种方式，ClickOnce发布工具自动将这些文件和文件夹包含在清单中，并使用它们部署软件

因为这个问题的复杂性，我想在这里发表。我的解决方案是回滚到。net 4.0。我已经测试了3天了，还不能让System.Data.SQLite.Core.1.0.98.0与. net 4.5或. net 4.5.1一起工作。

测试在3台计算机、2台服务器和一台开发PC上进行。我还没能找到问题的根源。我已经尝试编辑.vsproj文件。我已经将SQLite.interop.dll添加到所有文件夹中。我已经将包应用到所有GAC文件夹，并单独删除和重新应用。最终删除。

我有System.Data.SQLite.Core.1.0.98.0与。net 4.0一起工作。我打算继续尝试迁移，但我想我会先开始一个新项目，看看我是否能让它以那种方式工作。它最初是一个。net 3.5 web应用程序，在我的旅行中，我发现大量的信息仍然引用了这个框架。