我关闭了所有其他项目，并在Pycharm中单独运行所需的项目。我从pycharm创建了一个单独的virtualenv，并使用pip在其中添加了所有必需的模块。我在项目的解释器中添加了这个虚拟环境。这解决了我的问题。

再补充一个:涉及Python解释器选项卡的解决方案都没有帮助，然而，我注意到我必须设置项目依赖项:在有未解决的引用错误的项目中，没有任何依赖项被检查。一旦我检查了，相关的错误就消失了。我不知道为什么一开始就检查了一些，而另一些没有。

天哪，这是一个噩梦，我的不同的StackOVerflow答案的合并:

切换到本地解释器/usr/bin/pythonX.X和应用 像上面那样查看路径 找到骷髅的路径。我的是(/home/tim/Desktop/pycharm-community-2016.2.3/helpers/python-skeleton) 切换回virt解释器，并手动添加骷髅路径，如果它没有自动显示。

我的问题通过检查PyCharm中的继承全局站点包来解决

File -> Settings -> Project Interpreter -> Add Local Interpreter ->继承全局site-packages

当失效缓存或刷新路径不起作用时，我发现自己删除并重新添加远程解释器来修复这个问题。

我使用vagrant，每隔一段时间，如果我添加一个新的虚拟机到我的多虚拟机设置，转发的端口改变，这似乎使PyCharm混淆，当它试图使用错误的SSH端口时。更改端口似乎并不能帮助损坏的引用。

如果其他解决方案都不适合您，请尝试(备份)并删除~/。PyCharm40文件夹，然后重新打开PyCharm。这也会杀死你所有的偏好设置。

在Mac上，你需要删除~/Library/Caches/Pycharm40和~/Library/Preferences/ Pycharm40。

Windows: C:\Users\$USER.PyCharm40。