使用merge函数提取不同的行

df = df1.merge(df2.drop_duplicates(), on=['col1','col2'], 
               how='left', indicator=True)

在CSV中保存不同的行

df[df['_merge'] == 'left_only'].to_csv('output.csv')

一种方法是在两个dfs中存储一个内部合并表单的结果，然后我们可以简单地选择当一列的值不在这个公共值时的行:

In [119]:

common = df1.merge(df2,on=['col1','col2'])
print(common)
df1[(~df1.col1.isin(common.col1))&(~df1.col2.isin(common.col2))]
   col1  col2
0     1    10
1     2    11
2     3    12
Out[119]:
   col1  col2
3     4    13
4     5    14

EDIT

你已经发现的另一个方法是使用isin，它会生成NaN行，你可以删除:

In [138]:

df1[~df1.isin(df2)].dropna()
Out[138]:
   col1  col2
3     4    13
4     5    14

然而，如果df2不以同样的方式开始行，那么这将不起作用:

df2 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [2, 3,4], 'col2' : [11, 12,13]})

将产生整个df:

In [140]:

df1[~df1.isin(df2)].dropna()
Out[140]:
   col1  col2
0     1    10
1     2    11
2     3    12
3     4    13
4     5    14

这是最好的方法:

df = df1.drop_duplicates().merge(df2.drop_duplicates(), on=df2.columns.to_list(), 
                   how='left', indicator=True)
df.loc[df._merge=='left_only',df.columns!='_merge']

注意，drop duplicate用于最小化比较。没有他们也可以。最好的方法是比较行内容本身，而不是索引或一/两列，同样的代码也可以用于其他过滤器，如'both'和'right_only'，以达到类似的结果。对于这种语法，数据帧可以有任意数量的列，甚至可以有不同的索引。只有列应该出现在两个数据框架中。

为什么这是最好的方法?

索引。差异只适用于基于唯一索引的比较 Pandas.concat()与drop_duplication()结合使用并不理想，因为它还会删除可能只存在于你想保留的数据帧中的行，并出于合理的原因进行复制。

这里有另一种解决方法:

df1[~df1.index.isin(df1.merge(df2, how='inner', on=['col1', 'col2']).index)]

Or:

df1.loc[df1.index.difference(df1.merge(df2, how='inner', on=['col1', 'col2']).index)]

我有一个简单的2步更简单的方法: 如OP所述，假设dataframe2是dataframe1的子集，两个dataframe中的列是相同的，

df1 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3, 4, 5, 3], 
                           'col2' : [10, 11, 12, 13, 14, 10]}) 
df2 = pd.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3],
                           'col2' : [10, 11, 12]})

### Step 1: just append the 2nd df at the end of the 1st df 
df_both = df1.append(df2)

### Step 2: drop rows which contain duplicates, Drop all duplicates.
df_dif = df_both.drop_duplicates(keep=False)

## mission accompliched!
df_dif
Out[20]: 
   col1  col2
3     4    13
4     5    14
5     3    10

我认为那些包含合并的答案是极其缓慢的。因此，我建议另一种方法来获得两个数据框架之间不同的行:

df1 = pandas.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3, 4, 5], 'col2' : [10, 11, 12, 13, 14]}) 
df2 = pandas.DataFrame(data = {'col1' : [1, 2, 3], 'col2' : [10, 11, 12]})

免责声明:如果您对两个数据框架不同的特定列感兴趣，那么我的解决方案是有效的。如果您只对那些所有列都相等的行感兴趣，则不要使用这种方法。

比方说，col1是一种ID，你只想获取那些不包含在两个数据框架中的行:

ids_in_df2 = df2.col1.unique()
not_found_ids = df[~df['col1'].isin(ids_in_df2 )]

就是这样。你得到的数据框架只包含那些col1在两个数据框架中都不明显的行。