Grep是这种操作的笨拙工具。

在大多数现代Linux系统中都可以找到pcregrep，可以用作

pcregrep -M  'abc.*(\n|.)*efg' test.txt

where -M，——multiline允许模式匹配多行

还有一个更新的pcre2grep。两者都是由PCRE项目提供的。

pcre2grep可以通过Mac Ports作为pcre2端口的一部分用于Mac OS X:

% sudo port install pcre2 

并通过Homebrew为:

% brew install pcre

或者pcre2

% brew install pcre2

pcre2grep在Linux (Ubuntu 18.04+)上也可用

$ sudo apt install pcre2-utils # PCRE2
$ sudo apt install pcregrep    # Older PCRE

在所有文件中递归搜索(在每个文件中的多行中)，同时存在两个字符串(即string1和string2在不同的行中，并且都存在于同一个文件中):

grep -r -l 'string1' * > tmp; while read p; do grep -l 'string2' $p; done < tmp; rm tmp 

在所有文件中递归搜索(在每个文件中的多行中)，使用EITHER字符串存在(即string1和string2在不同的行中，并且在同一个文件中存在):

grep -r -l 'string1\|string2' * 

虽然sed选项是最简单、最简单的，但遗憾的是，LJ的一行程序并不是最可移植的。那些受困于C Shell(而不是bash)版本的人将需要摆脱他们的刘海:

sed -e '/abc/,/efg/\!d' [file]

不幸的是，这一行在bash等中不起作用。

sed应该足够了，就像海报LJ上面说的，

而不是!d，你可以简单地使用p打印:

sed -n '/abc/,/efg/p' file

这应该可以工作:

cat FILE | egrep 'abc|efg'

如果有多个匹配项，可以使用grep -v过滤掉

我用它从一个multi fasta文件中提取一个fasta序列，使用grep的-P选项:

grep -Pzo ">tig00000034[^>]+"  file.fasta > desired_sequence.fasta

基于perl的搜索 Z表示行以0字节结尾，而不是换行字符 O来捕获匹配的内容，因为grep返回整行(在本例中，因为您做了-z是整个文件)。

regexp的核心是[^>]，它翻译为“不大于符号”。