在与同事讨论绩效、教学、发送错误报告或搜索邮件列表和Stack Overflow上的指导时,经常会询问一个可重复的示例,并且总是很有用。

你有什么建议来创建一个优秀的例子?如何以文本格式粘贴r中的数据结构?您还应包括哪些其他信息?

除了使用dput()、dump()或structure()之外,还有其他技巧吗?什么时候应该包含library()或require()语句?除了c、df、data等之外,应该避免哪些保留字。?

如何做出一个伟大的、可重复的例子?


当前回答

要快速创建数据的dput,只需将数据复制到剪贴板,然后在R中运行以下命令:

对于Excel中的数据:

dput(read.table("clipboard", sep="\t", header=TRUE))

对于.txt文件中的数据:

dput(read.table("clipboard", sep="", header=TRUE))

如果需要,可以更改后者中的sep。当然,只有当您的数据在剪贴板中时,这才有效。

其他回答

如果您有一个大数据集,无法使用dput()轻松放入脚本,请将数据发布到pastebin并使用read.table加载它们:

d <- read.table("http://pastebin.com/raw.php?i=m1ZJuKLH")

灵感来自Henrik。

我正在开发wakefield包,以解决快速共享可复制数据的需求,有时dput对较小的数据集很好,但我们处理的许多问题要大得多,通过dput共享如此大的数据集是不切实际的。

关于:

wakefield允许用户共享最少的代码来再现数据。用户设置n(行数)并指定任意数量的预设变量函数(目前有70个),这些函数模拟真实的if数据(如性别、年龄、收入等)

安装:

目前(2015年6月11日),wakefield是一个GitHub包,但在编写单元测试后,最终将转到CRAN。要快速安装,请使用:

if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
pacman::p_load_gh("trinker/wakefield")

例子:

下面是一个示例:

r_data_frame(
    n = 500,
    id,
    race,
    age,
    sex,
    hour,
    iq,
    height,
    died
)

这将产生:

    ID  Race Age    Sex     Hour  IQ Height  Died
1  001 White  33   Male 00:00:00 104     74  TRUE
2  002 White  24   Male 00:00:00  78     69 FALSE
3  003 Asian  34 Female 00:00:00 113     66  TRUE
4  004 White  22   Male 00:00:00 124     73  TRUE
5  005 White  25 Female 00:00:00  95     72  TRUE
6  006 White  26 Female 00:00:00 104     69  TRUE
7  007 Black  30 Female 00:00:00 111     71 FALSE
8  008 Black  29 Female 00:00:00 100     64  TRUE
9  009 Asian  25   Male 00:30:00 106     70 FALSE
10 010 White  27   Male 00:30:00 121     68 FALSE
.. ...   ... ...    ...      ... ...    ...   ...

有时,无论你如何努力,问题真的无法用较小的数据块再现,而且合成数据也不会发生(尽管展示你是如何生成没有再现问题的合成数据集是有用的,因为它排除了一些假设)。

可能需要将数据发布到web某处并提供URL。如果数据不能向公众公开,但可以共享,那么您可以通过电子邮件将其发送给感兴趣的各方(尽管这将减少需要处理的人数)。我实际上还没有看到这样做,因为无法发布数据的人对以任何形式发布数据都很敏感,但在某些情况下,如果数据在某种程度上被充分匿名/加扰/轻微损坏,人们仍然可以发布数据。

如果你不能做到这两个,那么你可能需要聘请一位顾问来解决你的问题。。。

编辑:匿名/加扰的两个有用SO问题:

如何从私有数据创建示例数据集(用无信息的占位符替换变量名称和级别)?给定一组从连续单变量分布中抽取的随机数,找到分布

以下是我的一些建议:

尝试使用默认的R数据集如果您有自己的数据集,请将其包含在dput中,这样其他人可以更轻松地帮助您除非确有必要,否则不要使用install.package(),人们会理解您是否只使用require或library尽量简明扼要,有一些数据集尽量简单地描述您需要的输出问问题之前自己做上传图片很容易,所以如果你有还包括您可能遇到的任何错误

所有这些都是可复制示例的一部分。

受到这篇文章的启发,我现在使用了一个方便的功能,当我需要发布到堆栈溢出时,repeat(<mydata>)。


快速说明

如果myData是要复制的对象的名称,请在R中运行以下命令:

install.packages("devtools")
library(devtools)
source_url("https://raw.github.com/rsaporta/pubR/gitbranch/reproduce.R")

reproduce(myData)

细节:

此函数是dput的智能包装器,执行以下操作:

自动对大型数据集进行采样(基于大小和类别。可以调整采样大小)创建dput输出允许您指定要导出的列在前面附加objName<-。。。,这样它可以很容易地复制和粘贴,但是。。。如果在Mac上工作,输出会自动复制到剪贴板,这样您就可以简单地运行它,然后将其粘贴到问题中。

可在以下位置获得来源:

GitHub-pubR/repeat.R


例子:

# sample data
DF <- data.frame(id=rep(LETTERS, each=4)[1:100], replicate(100, sample(1001, 100)), Class=sample(c("Yes", "No"), 100, TRUE))

DF约为100 x 102。我想对10行和一些特定列进行采样

reproduce(DF, cols=c("id", "X1", "X73", "Class"))  # I could also specify the column number.

提供以下输出:

This is what the sample looks like:

    id  X1 X73 Class
1    A 266 960   Yes
2    A 373 315    No            Notice the selection split
3    A 573 208    No           (which can be turned off)
4    A 907 850   Yes
5    B 202  46   Yes
6    B 895 969   Yes   <~~~ 70 % of selection is from the top rows
7    B 940 928    No
98   Y 371 171   Yes
99   Y 733 364   Yes   <~~~ 30 % of selection is from the bottom rows.
100  Y 546 641    No


    ==X==============================================================X==
         Copy+Paste this part. (If on a Mac, it is already copied!)
    ==X==============================================================X==

 DF <- structure(list(id = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 25L, 25L, 25L), .Label = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "J", "K", "L", "M", "N", "O", "P", "Q", "R", "S", "T", "U", "V", "W", "X", "Y"), class = "factor"), X1 = c(266L, 373L, 573L, 907L, 202L, 895L, 940L, 371L, 733L, 546L), X73 = c(960L, 315L, 208L, 850L, 46L, 969L, 928L, 171L, 364L, 641L), Class = structure(c(2L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 1L), .Label = c("No", "Yes"), class = "factor")), .Names = c("id", "X1", "X73", "Class"), class = "data.frame", row.names = c(1L, 2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 98L, 99L, 100L))

    ==X==============================================================X==

还要注意,整个输出都是一个漂亮的单行,而不是一段高高的分段。这使得在Stack Overflow问题帖子上更容易阅读,也更容易复制和粘贴。


2013年10月更新:

现在,您可以指定将占用多少行文本输出(即,将粘贴到堆栈溢出中的内容)。为此,请使用lines.out=n参数。例子:

复制(DF,列=c(1:3,17,23),行.out=7)得到:

    ==X==============================================================X==
         Copy+Paste this part. (If on a Mac, it is already copied!)
    ==X==============================================================X==

 DF <- structure(list(id = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 25L,25L, 25L), .Label
      = c("A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H","I", "J", "K", "L", "M", "N", "O", "P", "Q", "R", "S", "T", "U","V", "W", "X", "Y"), class = "factor"),
      X1 = c(809L, 81L, 862L,747L, 224L, 721L, 310L, 53L, 853L, 642L),
      X2 = c(926L, 409L,825L, 702L, 803L, 63L, 319L, 941L, 598L, 830L),
      X16 = c(447L,164L, 8L, 775L, 471L, 196L, 30L, 420L, 47L, 327L),
      X22 = c(335L,164L, 503L, 407L, 662L, 139L, 111L, 721L, 340L, 178L)), .Names = c("id","X1",
      "X2", "X16", "X22"), class = "data.frame", row.names = c(1L,2L, 3L, 4L, 5L, 6L, 7L, 98L, 99L, 100L))

    ==X==============================================================X==