Python中是否有SciPy函数或NumPy函数或模块来计算给定特定窗口的1D数组的运行平均值?
当前回答
你可以用以下方法计算运行平均值:
import numpy as np
def runningMean(x, N):
y = np.zeros((len(x),))
for ctr in range(len(x)):
y[ctr] = np.sum(x[ctr:(ctr+N)])
return y/N
但是速度很慢。
幸运的是,numpy包含一个卷积函数,我们可以用它来加快速度。运行均值相当于将x与一个长度为N的向量进行卷积,其中所有元素都等于1/N。卷积的numpy实现包括起始瞬态,所以你必须删除前N-1点:
def runningMeanFast(x, N):
return np.convolve(x, np.ones((N,))/N)[(N-1):]
在我的机器上,快速版本要快20-30倍,这取决于输入向量的长度和平均窗口的大小。
请注意,卷积确实包括一个“相同”模式,它似乎应该解决开始的瞬态问题,但它在开始和结束之间分割。
其他回答
一个新的卷积配方被合并到Python 3.10中。
鉴于
import collections, operator
from itertools import chain, repeat
size = 3 + 1
kernel = [1/size] * size
Code
def convolve(signal, kernel):
# See: https://betterexplained.com/articles/intuitive-convolution/
# convolve(data, [0.25, 0.25, 0.25, 0.25]) --> Moving average (blur)
# convolve(data, [1, -1]) --> 1st finite difference (1st derivative)
# convolve(data, [1, -2, 1]) --> 2nd finite difference (2nd derivative)
kernel = list(reversed(kernel))
n = len(kernel)
window = collections.deque([0] * n, maxlen=n)
for x in chain(signal, repeat(0, n-1)):
window.append(x)
yield sum(map(operator.mul, kernel, window))
Demo
list(convolve(range(1, 6), kernel))
# [0.25, 0.75, 1.5, 2.5, 3.5, 3.0, 2.25, 1.25]
细节
卷积是一种可以应用于移动平均的一般数学运算。其思想是,给定一些数据,您将数据子集(窗口)作为“掩码”或“内核”在数据中滑动,在每个窗口上执行特定的数学操作。在移动平均的情况下,核是平均值:
现在可以通过more_itertools.convolve使用这个实现。 More_itertools是一个流行的第三方包;通过> PIP Install more_itertools安装。
对于一个简短、快速的解决方案,在一个循环中完成所有事情,没有依赖关系,下面的代码工作得很好。
mylist = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7]
N = 3
cumsum, moving_aves = [0], []
for i, x in enumerate(mylist, 1):
cumsum.append(cumsum[i-1] + x)
if i>=N:
moving_ave = (cumsum[i] - cumsum[i-N])/N
#can do stuff with moving_ave here
moving_aves.append(moving_ave)
你可以用以下方法计算运行平均值:
import numpy as np
def runningMean(x, N):
y = np.zeros((len(x),))
for ctr in range(len(x)):
y[ctr] = np.sum(x[ctr:(ctr+N)])
return y/N
但是速度很慢。
幸运的是,numpy包含一个卷积函数,我们可以用它来加快速度。运行均值相当于将x与一个长度为N的向量进行卷积,其中所有元素都等于1/N。卷积的numpy实现包括起始瞬态,所以你必须删除前N-1点:
def runningMeanFast(x, N):
return np.convolve(x, np.ones((N,))/N)[(N-1):]
在我的机器上,快速版本要快20-30倍,这取决于输入向量的长度和平均窗口的大小。
请注意,卷积确实包括一个“相同”模式,它似乎应该解决开始的瞬态问题,但它在开始和结束之间分割。
如果你必须为非常小的数组(少于200个元素)重复这样做,我发现只用线性代数就能得到最快的结果。 最慢的部分是建立你的乘法矩阵y,你只需要做一次,但之后可能会更快。
import numpy as np
import random
N = 100 # window size
size =200 # array length
x = np.random.random(size)
y = np.eye(size, dtype=float)
# prepare matrix
for i in range(size):
y[i,i:i+N] = 1./N
# calculate running mean
z = np.inner(x,y.T)[N-1:]
有点晚了,但我已经做了我自己的小函数,它不环绕端点或垫与零,然后用于查找平均值。进一步的处理是,它还在线性间隔点上对信号进行重新采样。随意定制代码以获得其他特性。
该方法是一个简单的矩阵乘法与规范化高斯核。
def running_mean(y_in, x_in, N_out=101, sigma=1):
'''
Returns running mean as a Bell-curve weighted average at evenly spaced
points. Does NOT wrap signal around, or pad with zeros.
Arguments:
y_in -- y values, the values to be smoothed and re-sampled
x_in -- x values for array
Keyword arguments:
N_out -- NoOf elements in resampled array.
sigma -- 'Width' of Bell-curve in units of param x .
'''
import numpy as np
N_in = len(y_in)
# Gaussian kernel
x_out = np.linspace(np.min(x_in), np.max(x_in), N_out)
x_in_mesh, x_out_mesh = np.meshgrid(x_in, x_out)
gauss_kernel = np.exp(-np.square(x_in_mesh - x_out_mesh) / (2 * sigma**2))
# Normalize kernel, such that the sum is one along axis 1
normalization = np.tile(np.reshape(np.sum(gauss_kernel, axis=1), (N_out, 1)), (1, N_in))
gauss_kernel_normalized = gauss_kernel / normalization
# Perform running average as a linear operation
y_out = gauss_kernel_normalized @ y_in
return y_out, x_out
正弦信号加正态分布噪声的一个简单用法:
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