Python中是否有SciPy函数或NumPy函数或模块来计算给定特定窗口的1D数组的运行平均值?
当前回答
上面有很多关于计算运行平均值的答案。我的回答增加了两个额外的特征:
忽略nan值 计算N个相邻值的平均值,不包括兴趣值本身
这第二个特征对于确定哪些值与总体趋势有一定的差异特别有用。
我使用numpy。cumsum,因为这是最省时的方法(参见上面Alleo的回答)。
N=10 # number of points to test on each side of point of interest, best if even
padded_x = np.insert(np.insert( np.insert(x, len(x), np.empty(int(N/2))*np.nan), 0, np.empty(int(N/2))*np.nan ),0,0)
n_nan = np.cumsum(np.isnan(padded_x))
cumsum = np.nancumsum(padded_x)
window_sum = cumsum[N+1:] - cumsum[:-(N+1)] - x # subtract value of interest from sum of all values within window
window_n_nan = n_nan[N+1:] - n_nan[:-(N+1)] - np.isnan(x)
window_n_values = (N - window_n_nan)
movavg = (window_sum) / (window_n_values)
这段代码只适用于偶数n。它可以通过改变np来调整奇数。插入padded_x和n_nan。
输出示例(黑色为raw,蓝色为movavg):
这段代码可以很容易地修改,以删除从小于cutoff = 3的非nan值计算的所有移动平均值。
window_n_values = (N - window_n_nan).astype(float) # dtype must be float to set some values to nan
cutoff = 3
window_n_values[window_n_values<cutoff] = np.nan
movavg = (window_sum) / (window_n_values)
其他回答
另一个解决方案是使用标准库和deque:
from collections import deque
import itertools
def moving_average(iterable, n=3):
# http://en.wikipedia.org/wiki/Moving_average
it = iter(iterable)
# create an iterable object from input argument
d = deque(itertools.islice(it, n-1))
# create deque object by slicing iterable
d.appendleft(0)
s = sum(d)
for elem in it:
s += elem - d.popleft()
d.append(elem)
yield s / n
# example on how to use it
for i in moving_average([40, 30, 50, 46, 39, 44]):
print(i)
# 40.0
# 42.0
# 45.0
# 43.0
另一种不使用numpy或pandas找到移动平均线的方法
import itertools
sample = [2, 6, 10, 8, 11, 10]
list(itertools.starmap(
lambda a,b: b/a,
enumerate(itertools.accumulate(sample), 1))
)
将打印[2.0,4.0,6.0,6.5,7.4,7.83333333333333333]
2.0 = (2)/1 4.0 is (2 + 6) / 2 6.0 = (2 + 6 + 10) / 3 .
如果你选择自己生成,而不是使用现有的库,请注意浮点错误并尽量减少其影响:
class SumAccumulator:
def __init__(self):
self.values = [0]
self.count = 0
def add( self, val ):
self.values.append( val )
self.count = self.count + 1
i = self.count
while i & 0x01:
i = i >> 1
v0 = self.values.pop()
v1 = self.values.pop()
self.values.append( v0 + v1 )
def get_total(self):
return sum( reversed(self.values) )
def get_size( self ):
return self.count
如果所有的值都是大致相同的数量级,那么这将通过始终添加大致相似的数量级值来帮助保持精度。
移动平均过滤器怎么样?它也是一个单行程序,它的优点是,如果你需要矩形以外的东西,你可以很容易地操作窗口类型。一个n长的简单移动平均数组a:
lfilter(np.ones(N)/N, [1], a)[N:]
应用三角形窗口后:
lfilter(np.ones(N)*scipy.signal.triang(N)/N, [1], a)[N:]
注:我通常会在最后丢弃前N个样本作为假的,因此[N:],但这是没有必要的,只是个人选择的问题。
更新:下面的例子展示了老熊猫。Rolling_mean函数,该函数在最近版本的pandas中已被删除。该函数调用的现代等价函数将使用pandas.Series.rolling:
In [8]: pd.Series(x).rolling(window=N).mean().iloc[N-1:].values
Out[8]:
array([ 0.49815397, 0.49844183, 0.49840518, ..., 0.49488191,
0.49456679, 0.49427121])
pandas比NumPy或SciPy更适合这一点。它的函数rolling_mean很方便地完成了这项工作。当输入是一个数组时,它还返回一个NumPy数组。
使用任何定制的纯Python实现都很难在性能上击败rolling_mean。下面是针对两个提议的解决方案的性能示例:
In [1]: import numpy as np
In [2]: import pandas as pd
In [3]: def running_mean(x, N):
...: cumsum = np.cumsum(np.insert(x, 0, 0))
...: return (cumsum[N:] - cumsum[:-N]) / N
...:
In [4]: x = np.random.random(100000)
In [5]: N = 1000
In [6]: %timeit np.convolve(x, np.ones((N,))/N, mode='valid')
10 loops, best of 3: 172 ms per loop
In [7]: %timeit running_mean(x, N)
100 loops, best of 3: 6.72 ms per loop
In [8]: %timeit pd.rolling_mean(x, N)[N-1:]
100 loops, best of 3: 4.74 ms per loop
In [9]: np.allclose(pd.rolling_mean(x, N)[N-1:], running_mean(x, N))
Out[9]: True
关于如何处理边缘值,也有很好的选项。
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