WebSite：它会自动生成app_code文件夹，如果您在服务器上发布它，然后如果您对任何特定文件或页面进行一些更改，则不必编译所有文件。

Web应用程序它自动生成网站不生成的解决方案文件，如果您在一个文件中进行更改，则必须编译整个项目以反映其更改。

其中一个关键区别是网站动态编译和动态创建程序集。Web应用程序编译成一个大型程序集。

Visual Studio 2008中消除了两者之间的区别。

在web应用程序中，您可以创建项目功能的层，并通过将其划分为多个项目来创建它们之间的相互依赖关系，但您永远无法在网站上做到这一点。

我建议您观看ASP.NET网站上的“Web应用程序项目和Web部署项目”视频，该视频非常详细地解释了差异，这对我很有帮助。

顺便说一句，不要被标题所迷惑，视频的很大一部分解释了网站项目和web应用程序项目之间的区别，以及为什么Microsoft在Visual studio 2005中重新引入web应用程序（正如您可能已经知道的那样，它最初只提供网站项目，然后在SP1中添加了web应用程序）。这是一个很棒的视频，我强烈推荐给任何想了解差异的人。

这取决于你在发展什么。

一个以内容为导向的网站会经常改变其内容，而网站更适合于此。

应用程序倾向于将其数据存储在数据库中，其页面和代码很少更改。在这种情况下，最好有一个Web应用程序，其中程序集的部署更受控制，并且更好地支持单元测试。

这里Web支持应用程序是网站的一个示例。网站和Web应用程序都可以是动态/静态的，这取决于需求，这里有一个例子来理解网站和Web程序的工作。