可以通过运行git rm＜submodule path＞和git commit来删除子模块。这可以使用git-restore撤消。删除将删除超级项目的跟踪数据，这些数据既是gitlink条目，也是.gitmodules文件中的部分。子模块的工作目录从文件系统中删除，但Git目录被保留下来，以便可以在不需要从另一个存储库获取的情况下签出过去的提交。要完全删除子模块，请另外手动删除$GIT_DIR/modules/<name>/。

来源：git help子模块

只是一张纸条。从git1.8.5.2开始，有两个命令可以执行：

git rm -r the_submodule
rm -rf .git/modules/the_submodule

正如@Mark Cheverton的回答正确指出的那样，如果没有使用第二行，即使您现在删除了子模块，剩余的.git/modules/the_submodule文件夹也将阻止将来添加或替换相同的子模块。此外，正如@VonC所提到的，gitrm将在子模块上完成大部分工作。

--更新（07/05/2017）--

为了澄清，_submodule是项目中子模块的相对路径。例如，如果子模块位于子目录subdir内，则为subdir/my_submodule。

正如评论和其他答案中正确指出的，这两个命令（虽然功能上足以删除子模块）确实在.git/config的[submodule“the_submodule”]部分留下了痕迹（截至2017年7月），可以使用第三个命令删除：

git config -f .git/config --remove-section submodule.the_submodule 2> /dev/null

总而言之，这是您应该做的：

设置path_to_submodule变量（无尾随斜杠）：

path_to_submodule=path/to/submodule

从.gitmodules文件中删除相关行：

git config -f .gitmodules --remove-section submodule.$path_to_submodule

从.git/config中删除相关部分

git config -f .git/config --remove-section submodule.$path_to_submodule

仅从索引中取消存储并删除$path_to_submodule（以防止丢失信息）

git rm --cached $path_to_submodule

跟踪对.gitmodules所做的更改

git add .gitmodules

提交超级项目

git commit -m "Remove submodule submodule_name"

删除现在未跟踪的子模块文件

rm -rf $path_to_submodule

rm -rf .git/modules/$path_to_submodule

另请参见：备选指导线

所有的答案看起来都过时了。我使用的是git版本2.28.0。一行回答是，

git rm path-to-submodule

然而，即使从源代码管理中删除了子模块，.git/modules/path到子模块仍然包含子模块存储库，.git/config包含其URL，因此您仍然需要手动删除这些子模块：

git config --remove-section submodule.path-to-submodule
rm -rf .git/modules/path-to-submodule

有时，必须使用-f标志：

$ git rm -f img2vec

例如，因为您可能会收到如下错误：

$ git rm img2vec/
error: the following file has changes staged in the index:
    img2vec
(use --cached to keep the file, or -f to force removal)

我不得不进一步执行John Douth的步骤，并将其cd到子模块的目录中，然后删除Git存储库：

cd submodule
rm -fr .git

然后，我可以将文件作为父Git存储库的一部分提交，而无需对子模块的旧引用。

以下是我所做的：

1.）从.gitmodules文件中删除相关部分。您可以使用以下命令：

git config -f .gitmodules --remove-section "submodule.submodule_name"

2.）准备.gitmodules更改

git add .gitmodules

3.）从.git/config中删除相关部分。您可以使用以下命令：

git submodule deinit -f "submodule_name"

4.）删除gitlink（无尾斜杠）：

git rm --cached path_to_submodule

5.）清理.git/模块：

rm -rf .git/modules/path_to_submodule

6.）承诺：

git commit -m "Removed submodule <name>"

7.）删除现在未跟踪的子模块文件

rm -rf path_to_submodule