我也有同样的错误，但在我的案例中，我在本地运行一个自定义的nuget包到另一个项目中。

为我修复的是将包版本更改为错误中请求的版本。

该包在netstandard 2.1中，请求该包的项目在netcore 3.1中

在我的案例中，在运行ASP.NET应用程序时发生了此错误。解决方案是：

删除项目文件夹中的obj和bin文件夹

清理不起作用，重建不起作用。所有引用都很好，但它没有编写其中一个库。删除这些目录后，一切都很顺利。

我只是找到了另一个原因，为什么会出现这个错误。我从特定库的所有版本中清理了我的GAC，并参照与可执行文件一起部署的特定版本构建了我的项目。当我运行这个项目时，我在搜索库的更新版本时遇到了这个异常。

原因是发布者策略。当我从GAC卸载库的版本时，我忘了卸载发布者策略程序集，所以程序集加载器在GAC中找到发布者策略，告诉它搜索新版本，而不是使用本地部署的程序集。

没有适合我的解决方案。我尝试了清理项目解决方案、删除bin、更新包、降级包等……两个小时后，我用程序集从项目加载了默认App.config，并在那里更改了错误的引用版本：

<dependentAssembly>
    <assemblyIdentity name="Microsoft.IdentityModel.Logging" publicKeyToken="31bf3856ad364e35" culture="neutral" />
    <bindingRedirect oldVersion="0.0.0.0-5.5.0.0" newVersion="5.5.0.0" />
</dependentAssembly>

to:

<dependentAssembly>
    <assemblyIdentity name="Microsoft.IdentityModel.Logging" publicKeyToken="31bf3856ad364e35" culture="neutral" />
    <bindingRedirect oldVersion="0.0.0.0-3.14.0.0" newVersion="5.5.0.0" />
</dependentAssembly>

在这之后，我清理了这个项目，再次构建它，它成功了。没有警告没有问题。

我的问题是将源代码复制到一台新机器上，而不覆盖任何引用的程序集。

我没有采取任何措施来纠正错误，所以匆忙中，我删除了BIN目录。重新构建了我的源代码，从那时起就开始工作了。

如果您遇到类似“找到的程序集的清单定义与程序集引用不匹配”的错误，并且您已经通过VS中的“项目”>“管理NuGet程序包和更新”选项卡进行了更新，那么您可以做的第一件事就是在从NuGet Gallery页面检查版本并从package Manager控制台运行以下命令后，尝试安装另一个版本的程序包：

PM> Install-Package YourPackageName -Version YourVersionNumber 
//Example
PM> Install-Package Microsoft.Extensions.FileProviders.Physical -Version 2.1.0

虽然答案和所讨论的包并没有直接关系，而且早在很久以前就有人问过它，但它是一种通用的，仍然相关，希望它能帮助一些人。