这对我来说非常有效，即使是更改所有相关模块中的引用，也可以更改我想在包中修改的文件夹名称，但对我来说，只有完全按照以下步骤操作，这才有效：

A-如果您想更改根文件夹的名称（换句话说，通常在包中用于包含主要活动的文件夹的名称），可以在以下步骤（B到C）之前或之后通过退出“Android Studio”手动重命名此根文件夹。单击“导入项目…”，然后单击项目的新名称（此导入过程将自动使用项目文件重新调整“Gradle”文件）B-在接下来的C步骤之前，不要忘记手动修改要在包中更改的文件夹名称，方法是在以下3个文件中更改它们：“AndroidManifest.xml”、“MainActivity.java”（或您最终为第一个活动选择的名称）和“build.gradle（Module:app）”文件。C-按照上述步骤1至6（“在项目窗格中，单击小齿轮图标…”）->https://stackoverflow.com/a/29092698/2001610 D-仅当您现在想要更改根文件夹的名称时，您可以按照上面所述的“A”过程进行操作。

右键单击包名称->Refactor->重命名->输入包名称->单击“Refactor”。不要编辑“app”文件夹下除“build.gradle”以外的任何构建文件。

从重命名android工作室项目-Vishnu Sivan

更改应用程序ID（现在独立于包名）可以在一个步骤中轻松完成。你不必接触AndroidManifest。相反，请执行以下操作：

右键单击项目的根文件夹。单击“打开模块设置”。转到“口味”选项卡。将applicationID更改为所需的任何包名称。按OK（确定）。

注意，这不会更改包名称。包名称和应用程序ID的解耦在这里解释：http://tools.android.com/tech-docs/new-build-system/applicationid-vs-packagename

右键单击package->refactor并更改名称。

您也可以在清单中更改它。有时，如果您更改包名，但在创建.apk文件后，它会显示不同的包名。此时，检查build.gradle文件中的“applicationId”。

更改程序包名称

要重命名包名，只需转到AndroidManifest.xml文件，并将鼠标光标放在要更改的包名部分的前面。

右键单击>重构>重命名

在新窗口中，按Rename package

更改名称并按Refactor

…然后按底部的Do Refactor。

您的包名通常采用com.domain.appname格式；在本例中，我们更改了appname部分，但您也可以对域执行相同的步骤。

完成！您已更改包名称！

ctrl+Shift+R一直对我有效。只需替换所有文件并选择所有文件。