我通常会这样做:

use sourcedatabase;
var docs=db.sourcetable.find();
use targetdatabase;
docs.forEach(function(doc) { db.targettable.insert(doc); });

这可以使用Mongo的db来完成。copyDatabase方法:

db.copyDatabase(fromdb, todb, fromhost, username, password)

参考:http://docs.mongodb.org/manual/reference/method/db.copyDatabase/

在MongoDB中将一个集合(myCollection1)从一个数据库复制到另一个数据库，

**Server1:**
myHost1.com 
myDbUser1
myDbPasword1
myDb1
myCollection1

outputfile:
myfile.json 

**Server2:**
myHost2.com 
myDbUser2
myDbPasword2
myDb2
myCollection2 

你可以这样做:

mongoexport  --host myHost1.com --db myDb1 -u myDbUser1  -p myDbPasword1 --collection myCollection1   --out  myfile.json 

然后:

mongoimport  --host myHost2.com --db myDb2 -u myDbUser2  -p myDbPasword2 --collection myCollection2   --file myfile.json 

另一种情况，使用CSV文件:

Server1:
myHost1.com 
myDbUser1
myDbPasword1
myDb1
myCollection1
fields.txt
    fieldName1
    fieldName2

outputfile:
myfile.csv

Server2:
myHost2.com 
myDbUser2
myDbPasword2
myDb2
myCollection2

你可以这样做:

mongoexport  --host myHost1.com --db myDb1 -u myDbUser1  -p myDbPasword1 --collection myCollection1   --out  myfile.csv --type=csv

在CSV文件中添加列类型(name1.decimal()，name1.string()..)，然后:

mongoimport  --host myHost2.com --db myDb2 -u myDbUser2  -p myDbPasword2 --collection myCollection2   --file myfile.csv --type csv --headerline --columnsHaveTypes

使用pymongo，你需要在同一个mongod上有两个数据库，我做了以下工作:

Db =原始数据库 Db2 =要复制到的数据库

cursor = db["<collection to copy from>"].find()
for data in cursor:
    db2["<new collection>"].insert(data)

这并不能解决你的问题，但是mongodb shell有一个copyTo方法，可以将一个集合复制到同一个数据库中的另一个集合:

db.mycoll.copyTo('my_other_collection');

它还可以从BSON转换为JSON，所以mongodb /mongorestore是最好的方式，就像其他人说的那样。

实际上，有一个命令用于将集合从一个数据库移动到另一个数据库。它只是不叫“移动”或“复制”。

若要复制集合，可以在同一数据库上克隆它，然后移动克隆的集合。

克隆:

> use db1
switched to db db1

> db.source_collection.find().forEach(
      function(x){
          db.collection_copy.insert(x)
      }
  );

移动:

> use admin
switched to db admin

> db.runCommand(
      {
          renameCollection: 'db1.source_collection',
          to              : 'db2.target_collection'
      }
  );

其他答案更适合复制集合，但如果您希望移动集合，这个答案尤其有用。