超过30个答案，但我用了不同的方法。

我有两个独立的项目。一个Windows服务，和一个Windows窗体应用程序。应用程序引用WS项目，两者都引用SQLite核心nuget包。

在构建WS项目时，有x64和x32文件夹。但在构建应用程序时，文件夹不会显示出来。

检查这里的答案，我不能让他们工作。但是我发现WS项目中有以下代码片段，而App项目中没有。我添加了它，现在文件夹显示正确。

<Import Project="..\packages\System.Data.SQLite.Core.1.0.112.0\build\net46\System.Data.SQLite.Core.targets" Condition="Exists('..\packages\System.Data.SQLite.Core.1.0.112.0\build\net46\System.Data.SQLite.Core.targets')" />

如果您试图在64位项目中运行32位dll，也可能会出现此错误。

当我在x86和x64文件夹中放置相同的文件(32位版本的SQLite.Interop.dll)时，我得到了这个。

我有这个问题，因为Visual c++ 2010可重分发没有安装在我的电脑。如果你还没有安装Visual c++ 2010 redistributable，下载并安装这个(检查x86或64 dll)。

我的应用程序是一个web应用程序(ASP。NET MVC)，我不得不改变应用程序池下运行的LocalSystem而不是ApplicationPoolIdentity。这样做:

打开IIS管理器 找到站点正在运行的应用程序池。 从操作中单击高级设置 将Identity更改为LocalSystem

我不知道为什么这会解决这个问题。

扩展Kugel的回答，这对我来说是有效的(VS2015 Enterprise)，利用dll中的SQLite，可以在构建和测试后从主项目中删除Nuget包:

1.安装Nuget包到主项目。

Install-Package System.Data.SQLite

2.构建应用程序并测试Sqlite连接是否正常工作:

select * from sqlite_master

3.从主版本卸载Nuget包。

UnInstall-Package System.Data.SQLite

4.手动删除SQLite和EntityFramework的dll引用:

System.Data.SQLite
System.Data.SQLite.EF6
System.Data.SQLite.Linq

从主项目的“包”中删除Xml引用。配置”XML文件。

这对我来说很有效，使我的项目保持干净。

旧项目文件格式

即以<Project ToolsVersion="3.5" DefaultTargets="Build"开头的项目xmlns="http://schemas.microsoft.com/developer/msbuild/2003">

将以下内容添加到“主”/根项目的csproj中

<PropertyGroup> 
    <ContentSQLiteInteropFiles>true</ContentSQLiteInteropFiles>
    <CopySQLiteInteropFiles>false</CopySQLiteInteropFiles>
    <CleanSQLiteInteropFiles>false</CleanSQLiteInteropFiles>
    <CollectSQLiteInteropFiles>false</CollectSQLiteInteropFiles>
</PropertyGroup>

新的SDK项目文件格式

例如，以<Project Sdk="Microsoft.NET.Sdk.*"开头的项目>

将PrivateAssets="none"添加到System.Data.Sqlite PackageImport依赖链中的每个ProjectReference/PackageImport

ex:

<PackageReference Include="System.Data.SQLite.Core" Version="1.0.110" PrivateAssets="none"/>