我不知道这是否是一个好的答案，但我能够通过在AppDomain下以“本地系统”的身份运行我的应用程序来解决这个问题。

我在这个问题上挣扎了很长一段时间，偶尔会发现测试设置不正确。请看这张图片:

我只要取消测试设置，问题就消失了。否则会出现异常。 希望这能帮助到一些人。 不确定这是根本原因。

因为这个问题的复杂性，我想在这里发表。我的解决方案是回滚到。net 4.0。我已经测试了3天了，还不能让System.Data.SQLite.Core.1.0.98.0与. net 4.5或. net 4.5.1一起工作。

测试在3台计算机、2台服务器和一台开发PC上进行。我还没能找到问题的根源。我已经尝试编辑.vsproj文件。我已经将SQLite.interop.dll添加到所有文件夹中。我已经将包应用到所有GAC文件夹，并单独删除和重新应用。最终删除。

我有System.Data.SQLite.Core.1.0.98.0与。net 4.0一起工作。我打算继续尝试迁移，但我想我会先开始一个新项目，看看我是否能让它以那种方式工作。它最初是一个。net 3.5 web应用程序，在我的旅行中，我发现大量的信息仍然引用了这个框架。

在SQLLite Core的Nuget包中有一个文件System.Data.SQLite.Core.targets。只需将此包含在使用此库的所有项目和使用您库的所有库中。

在你的.csproj或.vbproj文件中添加: 每次你在你的bin中编译都会添加x86和x64目录下的SQLite.Interop.dll文件。

还添加了dll到测试项目(通过Nuget管理器)，它修复了它。

我知道我来晚了，但在我今天下载了最新的x86/x64(版本1.0.88.0)后，我就遇到了这个问题。我在VS2012中的本地IIS默认运行32位，没有简单的方法切换到x64。我的生产服务器运行64位。

无论如何，我安装了NuGet包到一个DLL项目，我得到了这个错误。为了让它工作，我必须把它安装到主站点项目中。即使它根本不涉及SQLite类。

我的猜测是SQLite使用入口程序集来检测要加载哪个版本的Interop。