我在一个高性能计算集群环境中工作。我在不同的地方开发代码，而不是在生产运行的地方。在开发过程中，我通常从命令行交互式地调用R(而不是使用RStudio)。有很多来源(“foo.R”)正在进行。

在生产运行期间，我通常编写一个bash脚本，尝试不同的参数，并在单独的目录中运行每一组参数。bash脚本利用了工作负载管理器(即SLURM)。在这种环境中，设置环境变量很简单。考虑到这一点，下面的解决方案最适合我。

其他。R

my_message <- function(){
return("R is awkward")
}

foo。R

srcpath = Sys.getenv("R_SRC")
# Check if runnning w/o setting R_SRC - presumably done in directory of development, i.e. /path/to/R/code
if(srcpath == ""){
    srcpath="./"
}
source(sprintf("%s/other.R", srcpath))
string = my_message()
print(string)

如果从R交互式shell中运行，并且在/path/到/R/code中运行，那么简单

> source("foo.R")

如果不是从交互式shell运行，也不是从/path/to/R/code运行，首先设置环境变量R_SRC，然后调用Rscript

$ export R_SRC=/path/to/R/code/
$ Rscript /path/to/R/code/foo.R

这对我很有用。只是从命令行参数中greps它，去掉不需要的文本，执行dirname，最后从它获得完整的路径:

args <- commandArgs(trailingOnly = F)  
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))

我喜欢这种方法:

this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)

只是在上面的答案的基础上，作为安全检查，您可以添加一个包装器，当sys.frame(1)失败时(如果interactive() == TRUE可能会失败)，或者源脚本不在主脚本所期望的位置时，它会要求用户找到文件。

fun_path = tryCatch(expr = 
                      {file.path(dirname(sys.frame(1)$ofile), "foo.R")},
                    error = function(e){'foo.R'}
                    )
if(!file.exists(fun_path))
{
  msg = 'Please select "foo.R"'
  # ask user to find data
  if(Sys.info()[['sysname']] == 'Windows'){#choose.files is only available on Windows
    message('\n\n',msg,'\n\n')
    Sys.sleep(0.5)#goes too fast for the user to see the message on some computers
    fun_path  = choose.files(
      default = file.path(gsub('\\\\', '/', Sys.getenv('USERPROFILE')),#user
                          'Documents'),
      caption = msg
    )
  }else{
    message('\n\n',msg,'\n\n')
    Sys.sleep(0.5)#goes too fast for the user to see the message on some computers
    fun_path = file.choose(new=F)
  }
}
#source the function
source(file = fun_path, 
       encoding = 'UTF-8')

I would use a variant of @steamer25 's approach. The point is that I prefer to obtain the last sourced script even when my session was started through Rscript. The following snippet, when included on a file, will provided a variable thisScript containing the normalized path of the script. I confess the (ab)use of source'ing, so sometimes I invoke Rscript and the script provided in the --file argument sources another script that sources another one... Someday I will invest in making my messy code turns into a package.

thisScript <- (function() {
  lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)

  if (is.null(lastScriptSourced)) {
    # No script sourced, checking invocation through Rscript
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle <- "--file="
    match <- grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
      return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
    }
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
  }
})()

你可以使用commandArgs函数获取Rscript传递给实际R解释器的所有选项，并搜索——file=。如果你的脚本是从路径启动的，或者它是以一个完整的路径启动的，下面的script.name将以'/'开头。否则，它必须是相对于cwd，你可以连接两个路径，以获得完整的路径。

编辑:听起来你只需要上面的script.name，并剥离路径的最后一个组件。我已经删除了不需要的cwd()样本，并清理了主脚本，并张贴了我的其他. r。只需要保存这个脚本和其他脚本。R脚本放到同一个目录下，chmod +x它们，然后运行主脚本。

主要。接待员:

#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- file.path(script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)

其他。接待员:

print("hello")

输出:

burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"

我相信这就是德曼在找的东西。