我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R,在同一个目录下:

#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")

但我想让R找到另一个。R,不管当前工作目录是什么。

换句话说,就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?


当前回答

你可以使用commandArgs函数获取Rscript传递给实际R解释器的所有选项,并搜索——file=。如果你的脚本是从路径启动的,或者它是以一个完整的路径启动的,下面的script.name将以'/'开头。否则,它必须是相对于cwd,你可以连接两个路径,以获得完整的路径。

编辑:听起来你只需要上面的script.name,并剥离路径的最后一个组件。我已经删除了不需要的cwd()样本,并清理了主脚本,并张贴了我的其他. r。只需要保存这个脚本和其他脚本。R脚本放到同一个目录下,chmod +x它们,然后运行主脚本。

主要。接待员:

#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- file.path(script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)

其他。接待员:

print("hello")

输出:

burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"

我相信这就是德曼在找的东西。

其他回答

这对我很有用。只是从命令行参数中greps它,去掉不需要的文本,执行dirname,最后从它获得完整的路径:

args <- commandArgs(trailingOnly = F)  
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))

Steamer25的方法是有效的,但前提是路径中没有空白。在macOS上,至少cmdArgs[match]返回类似/base/some~+~dir~+~带~+~空格/ for /base/some\ dir\带\空格/。

我通过在返回之前用一个简单的空格替换“~+~”来解决这个问题。

thisFile <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  needle <- "--file="
  match <- grep(needle, cmdArgs)
  if (length(match) > 0) {
    # Rscript
    path <- cmdArgs[match]
    path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
    return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
  }
}

显然,你仍然可以像aprstar那样扩展else块。

我对上面的实现有问题,因为我的脚本是从符号链接目录操作的,或者至少这就是为什么我认为上面的解决方案不适合我。按照@ennuikiller的回答,我将Rscript包装在bash中。我使用pwd -P设置路径变量,它解析符号链接目录结构。然后将路径传递给Rscript。

Bash.sh

#!/bin/bash

# set path variable
path=`pwd -P`

#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path

foo。R

args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)

我的一切都在一个!(—2019年9月1日更新以处理RStudio控制台)

#' current script file (in full path)
#' @description current script file (in full path)
#' @examples
#' works with Rscript, source() or in RStudio Run selection, RStudio Console
#' @export
ez.csf <- function() {
    # http://stackoverflow.com/a/32016824/2292993
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript via command line
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName))
        } else {
            if (!is.null(sys.frames()[[1]]$ofile)) {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
            } else {
                # RStudio Run Selection
                # http://stackoverflow.com/a/35842176/2292993
                pth = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
                if (pth!='') {
                    return(normalizePath(pth))
                } else {
                    # RStudio Console
                    tryCatch({
                            pth = rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
                            pth = normalizePath(pth)
                        }, error = function(e) {
                            # normalizePath('') issues warning/error
                            pth = ''
                        }
                    )
                    return(pth)
                }
            }
        }
    }
}

你可以在一个bash脚本中包装r脚本,并检索脚本的路径作为bash变量,如下所示:

#!/bin/bash
     # [environment variables can be set here]
     path_to_script=$(dirname $0)

     R --slave<<EOF
        source("$path_to_script/other.R")

     EOF