我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R，在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R，不管当前工作目录是什么。
换句话说，就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
当前回答
令人惊讶的是R中没有“$0”类型结构!你可以通过system()调用一个用R编写的bash脚本来实现:
write.table(c("readlink -e $0"), file="scriptpath.sh",col=F, row=F, quote=F)
thisscript <- system("sh scriptpath.sh", intern = TRUE)
然后将scriptpath.sh名称拆分为other。R
splitstr <- rev(strsplit(thisscript, "\\/")[[1]])
otherscript <- paste0(paste(rev(splitstr[2:length(splitstr)]),collapse="/"),"/other.R")
其他回答
请注意，getopt包提供了get_Rscript_filename函数，该函数使用与本文相同的解决方案，但已经在标准R模块中为您编写了该解决方案，因此您不必将“获取脚本路径”函数复制并粘贴到您编写的每个脚本中。
在我看来，从R脚本的获取路径中得到的rakensi的答案是最正确和真正精彩的。然而，它仍然是一个包含哑函数的黑客。我在这里引用它，是为了让别人更容易发现。
sourceDir <- getSrcDirectory(函数(dummy) {dummy})
这给出了放置语句的文件的目录(在那里定义了dummy函数)。然后可以使用它来设置工作目录并使用相对路径。
setwd(sourceDir)
source("other.R")
或者创建绝对路径
source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))
Supressingfire回答的简化版本:
source_local <- function(fname){
argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}
你可以在一个bash脚本中包装r脚本，并检索脚本的路径作为bash变量，如下所示:
#!/bin/bash
# [environment variables can be set here]
path_to_script=$(dirname $0)
R --slave<<EOF
source("$path_to_script/other.R")
EOF
我在一个高性能计算集群环境中工作。我在不同的地方开发代码，而不是在生产运行的地方。在开发过程中，我通常从命令行交互式地调用R(而不是使用RStudio)。有很多来源(“foo.R”)正在进行。
在生产运行期间，我通常编写一个bash脚本，尝试不同的参数，并在单独的目录中运行每一组参数。bash脚本利用了工作负载管理器(即SLURM)。在这种环境中，设置环境变量很简单。考虑到这一点，下面的解决方案最适合我。
其他。R
my_message <- function(){
return("R is awkward")
}
foo。R
srcpath = Sys.getenv("R_SRC")
# Check if runnning w/o setting R_SRC - presumably done in directory of development, i.e. /path/to/R/code
if(srcpath == ""){
srcpath="./"
}
source(sprintf("%s/other.R", srcpath))
string = my_message()
print(string)
如果从R交互式shell中运行，并且在/path/到/R/code中运行，那么简单
> source("foo.R")
如果不是从交互式shell运行，也不是从/path/to/R/code运行，首先设置环境变量R_SRC，然后调用Rscript
$ export R_SRC=/path/to/R/code/
$ Rscript /path/to/R/code/foo.R
