我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R，在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R，不管当前工作目录是什么。
换句话说，就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
当前回答
你可以在一个bash脚本中包装r脚本，并检索脚本的路径作为bash变量，如下所示:
#!/bin/bash
# [environment variables can be set here]
path_to_script=$(dirname $0)
R --slave<<EOF
source("$path_to_script/other.R")
EOF
其他回答
#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")
# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))
Supressingfire回答的简化版本:
source_local <- function(fname){
argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}
如果而不是脚本，foo。R，知道它的路径位置，如果你可以改变你的代码，总是从一个公共根引用所有的源路径，那么这些可能会有很大的帮助:
https://github.com/r-lib/rprojroot或https://rprojroot.r-lib.org/ https://here.r-lib.org/
鉴于
/ app /深度/嵌套/ foo。R /应用程序/其他。R
这是可行的
#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))
参见https://rprojroot.r-lib.org/了解如何定义项目根。
这对我很有用。只是从命令行参数中greps它，去掉不需要的文本，执行dirname，最后从它获得完整的路径:
args <- commandArgs(trailingOnly = F)
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))
你可以在一个bash脚本中包装r脚本，并检索脚本的路径作为bash变量，如下所示:
#!/bin/bash
# [environment variables can be set here]
path_to_script=$(dirname $0)
R --slave<<EOF
source("$path_to_script/other.R")
EOF
