在与同事讨论绩效、教学、发送错误报告或搜索邮件列表和Stack Overflow上的指导时,经常会询问一个可重复的示例,并且总是很有用。
你有什么建议来创建一个优秀的例子?如何以文本格式粘贴r中的数据结构?您还应包括哪些其他信息?
除了使用dput()、dump()或structure()之外,还有其他技巧吗?什么时候应该包含library()或require()语句?除了c、df、data等之外,应该避免哪些保留字。?
如何做出一个伟大的、可重复的例子?
在与同事讨论绩效、教学、发送错误报告或搜索邮件列表和Stack Overflow上的指导时,经常会询问一个可重复的示例,并且总是很有用。
你有什么建议来创建一个优秀的例子?如何以文本格式粘贴r中的数据结构?您还应包括哪些其他信息?
除了使用dput()、dump()或structure()之外,还有其他技巧吗?什么时候应该包含library()或require()语句?除了c、df、data等之外,应该避免哪些保留字。?
如何做出一个伟大的、可重复的例子?
当前回答
最初的帖子指的是现已退役的数据营的小提琴演奏服务。它已被重新命名为数据营灯,不能像我的回答所示的那样容易嵌入。
我想知道http://old.r-fiddle.org/链接可能是分享问题的一种非常简单的方式。它接收一个唯一的ID,比如,甚至可以考虑将其嵌入SO中。
其他回答
R-help邮件列表有一个发布指南,包括提问和回答问题,包括生成数据的示例:
示例:有时提供一个小例子实际上可以运行。例如:如果我有如下矩阵x:
> x <- matrix(1:8, nrow=4, ncol=2,
dimnames=list(c("A","B","C","D"), c("x","y"))
> x
x y
A 1 5
B 2 6
C 3 7
D 4 8
>
如何将其转换为数据帧具有8行和3列“row”、“col”和“value”,它们具有维度名称为“row”和“col”的值,如下所示:
> x.df
row col value
1 A x 1
...(答案可能是:
> x.df <- reshape(data.frame(row=rownames(x), x), direction="long",
varying=list(colnames(x)), times=colnames(x),
v.names="value", timevar="col", idvar="row")
)
“小”这个词特别重要。您应该以最小的可重复示例为目标,这意味着数据和代码应该尽可能简单地解释问题。
编辑:漂亮的代码比难看的代码更容易阅读。使用样式指南。
从R.2.14开始(我猜),您可以将数据文本表示直接输入read.table:
df <- read.table(header=TRUE,
text="Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa
")
有时,无论你如何努力,问题真的无法用较小的数据块再现,而且合成数据也不会发生(尽管展示你是如何生成没有再现问题的合成数据集是有用的,因为它排除了一些假设)。
可能需要将数据发布到web某处并提供URL。如果数据不能向公众公开,但可以共享,那么您可以通过电子邮件将其发送给感兴趣的各方(尽管这将减少需要处理的人数)。我实际上还没有看到这样做,因为无法发布数据的人对以任何形式发布数据都很敏感,但在某些情况下,如果数据在某种程度上被充分匿名/加扰/轻微损坏,人们仍然可以发布数据。
如果你不能做到这两个,那么你可能需要聘请一位顾问来解决你的问题。。。
编辑:匿名/加扰的两个有用SO问题:
如何从私有数据创建示例数据集(用无信息的占位符替换变量名称和级别)?给定一组从连续单变量分布中抽取的随机数,找到分布
可复制代码是获得帮助的关键。然而,许多用户可能对粘贴哪怕是一大块数据都持怀疑态度。例如,他们可能在处理敏感数据,或者在研究论文中使用收集的原始数据。
出于任何原因,我认为在公开粘贴数据之前,有一个方便的函数来“变形”我的数据会很好。SciencesPo包中的匿名化函数非常愚蠢,但对我来说,它与dput函数配合得很好。
install.packages("SciencesPo")
dt <- data.frame(
Z = sample(LETTERS,10),
X = sample(1:10),
Y = sample(c("yes", "no"), 10, replace = TRUE)
)
> dt
Z X Y
1 D 8 no
2 T 1 yes
3 J 7 no
4 K 6 no
5 U 2 no
6 A 10 yes
7 Y 5 no
8 M 9 yes
9 X 4 yes
10 Z 3 no
然后我将其匿名化:
> anonymize(dt)
Z X Y
1 b2 2.5 c1
2 b6 -4.5 c2
3 b3 1.5 c1
4 b4 0.5 c1
5 b7 -3.5 c1
6 b1 4.5 c2
7 b9 -0.5 c1
8 b5 3.5 c2
9 b8 -1.5 c2
10 b10 -2.5 c1
在应用匿名化和dput命令之前,可能还需要对一些变量而不是整个数据进行采样。
# Sample two variables without replacement
> anonymize(sample.df(dt,5,vars=c("Y","X")))
Y X
1 a1 -0.4
2 a1 0.6
3 a2 -2.4
4 a1 -1.4
5 a2 3.6
您可以使用reprex执行此操作。
正如mt1022所指出的,“……生产最小、可重复示例的好包装是tidyverse的“reprex”。”。
根据Tidyverse的说法:
“reprex”的目标是以这样一种方式打包您的问题代码,使其他人可以运行它并感受到您的痛苦。
tidyverse网站上给出了一个示例。
library(reprex)
y <- 1:4
mean(y)
reprex()
我认为这是创建可复制示例的最简单方法。