我有一个名为foo的脚本。R包含另一个脚本other。R，在同一个目录下:
#!/usr/bin/env Rscript
message("Hello")
source("other.R")
但我想让R找到另一个。R，不管当前工作目录是什么。
换句话说，就是foo。R需要知道自己的路径。我该怎么做呢?
当前回答
在我看来，从R脚本的获取路径中得到的rakensi的答案是最正确和真正精彩的。然而，它仍然是一个包含哑函数的黑客。我在这里引用它，是为了让别人更容易发现。
sourceDir <- getSrcDirectory(函数(dummy) {dummy})
这给出了放置语句的文件的目录(在那里定义了dummy函数)。然后可以使用它来设置工作目录并使用相对路径。
setwd(sourceDir)
source("other.R")
或者创建绝对路径
source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))
其他回答
你可以在一个bash脚本中包装r脚本，并检索脚本的路径作为bash变量，如下所示:
#!/bin/bash
# [environment variables can be set here]
path_to_script=$(dirname $0)
R --slave<<EOF
source("$path_to_script/other.R")
EOF
我已经将这个问题的答案打包并扩展为rprojroot中的新函数thisfile()。也适用于编织与针织。
这对我很有用
library(rstudioapi)
rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
我对上面的实现有问题，因为我的脚本是从符号链接目录操作的，或者至少这就是为什么我认为上面的解决方案不适合我。按照@ennuikiller的回答，我将Rscript包装在bash中。我使用pwd -P设置路径变量，它解析符号链接目录结构。然后将路径传递给Rscript。
Bash.sh
#!/bin/bash
# set path variable
path=`pwd -P`
#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path
foo。R
args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)
我喜欢steamer25的解决方案，因为它似乎是最健壮的。然而，当在RStudio中调试时(在windows中)，路径不会被正确设置。原因是，如果在RStudio中设置了断点，那么源文件将使用另一个“调试源”命令，该命令将脚本路径设置得稍微不同。下面是我目前正在使用的最终版本，它解释了调试时RStudio中的这种替代行为:
# @return full path to this script
get_script_path <- function() {
cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
needle = "--file="
match = grep(needle, cmdArgs)
if (length(match) > 0) {
# Rscript
return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
} else {
ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
if ("fileName" %in% ls_vars) {
# Source'd via RStudio
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName))
} else {
# Source'd via R console
return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
}
}
}
